Problem integralności może powstać wówczas, gdy w wyniku operacji następuje zmiana kilku bloków. Rozważmy przykład systemu plików z przydziałem indeksowym, w którym następuje rozszerzenie pliku. Rozszerzenie oznacza dołączenie kolejnego bloku danych i tym samym zmiany w plikach indeksowych oraz w identyfikacji bloków wolnych. Gdyby żadna z tych zmian nie została utrwalona, można przyjąć, że ze względu na awarię operacja nie udała się. Jeśli jednak tylko część tych zmian zostanie utrwalona na dysku, może się okazać, że blok jest zarówno w wykazie wolnych jak i przydzielonych jednostek lub też nie ma go w żadnym z tych wykazów.
Pierwszy z przejawów braku integralności nie jest szczególnie niebezpieczny dla stanu systemu plików. Oznacza on po prostu tymczasową (do momentu wykrycia i usunięcia) utratę bloku. Usunięcie niespójności polega po prostu na dołączeniu bloku do wykazu bloków wolnych.
Poważniejsze w skutkach mogą być następne dwa przypadki. Obecność bloku w wykazie bloków wolnych jak i zajętych sama w sobie nie jest jeszcze problem i może być łatwo naprawiona przez usunięcie bloku z wykazu bloków wolnych. Jednak w wyniku żądania przydziału, błędnie identyfikowany blok może zostać zaalokowany ponownie i dochodzimy do kolejnego przejawu niespójności — duplikacji przydzielonego bloku.
Podobnie wygląda przypadek wielokrotnego powtórzenia się bloku w wykazie bloków wolnych. Jest ryzyko, że ten sam blok zostanie wielokrotnie przydzielony, ale wczesne wykrycie i usunięcie duplikacji nie powoduje żadnych dalszych konsekwencji. Warto zwrócić uwagę, że ten przejaw niespójności nie może się zdarzyć w przypadku użycia wektora bitowego do zarządzania wolną przestrzenią.
Poważniejsze w skutkach jest wielokrotne powtórzenie bloku w wykazie bloków przydzielonych plikom (tzw. skrzyżowanie), bo dostęp do każdego z plików (czy różnych fragmentów tego samego pliku) może spowodować niezależne modyfikacje. Próbą rozwiązania problemu może być powielenie bloku i przydzielenie w każdym miejscu wystąpienia osobnej kopii. Może się jednak okazać, że nie będzie to właściwa kopia w żadnym z tych miejsc.