Rozmiar wpisu katalogowego jest taki sam, jak bloku kontrolnego w systemie CP/M. Dzięki temu w systemie MS DOS istnieje alternatywna możliwość korzystania z bloków FCB.
System DOS dopuszcza wielopoziomową, hierarchiczną strukturę katalogów. Katalog implementowany jak każdy plik, ale zawiera w treści 32-bajtowe opisy innych plików lub katalogów. Wpis dla katalogu w nadkatalogu zawiera flagę, informującą, że jest to katalog, w związku z czym jego zawartość ma być traktowana i interpretowana w szczególny sposób.
Wielkość jednostki alokacji można dobrać na etapie konfiguracji (formatowania logicznego). Wielkość ta wahała się od 512 B do kilku kilobajtów w miarę zwiększania się wielkości dysków. Bloki plików, a także bloki wolne lub zawierające uszkodzone sektory, identyfikowane są poprzez odpowiednie wartości na odpowiadających im pozycjach w tablicy FAT.
Na etapie formatowani logicznego definiowany jest podział partycji, z którego wynika między innymi rozmiar tablicy FAT oraz katalogu głównego. Rozmiar tablicy FAT określa liczbę jednostek alokacji, pośrednio zatem również rozmiar jednostki alokacji, gdyż wielkość obszaru danych też jest ustalona przy formatowaniu. Oczywiście liczba jednostek alokacji nie może być większa, niż wynika to z rozmiaru elementu tablicy FAT. Element tablicy FAT musi po prostu „pomieścić” numer dowolnego bloku. Przykładowo, w przypadku 16-bitowej struktury FAT do dyspozycji jest 216=65536 numerów jednostek (w praktyce kilka numerów mniej, ze względu na kody specjalne). Przeznaczanie zatem więcej niż 128 KB (65536·16 bitów) na tę strukturę nie ma sensu, bo większej liczy jednostek i tak nie da się obsłużyć.
Ze struktury partycji wynika też, że ustalony jest rozmiar katalogu głównego. Liczba wpisów w katalogu głównym ma zatem górne ograniczenia, a w przypadku nie wykorzystania tych wpisów miejsce jest marnowane. Jeśli chodzi rozmiar podkatalogu, jest on ustalany dynamicznie z dokładnością do jednostki alokacji w miarę zwiększania lub zmniejszania liczby wpisów.
Tablica FAT jest newralgicznym elementem systemu plików. Jej uszkodzenie może spowodować całkowita utratę powiązań bloków i tym samym praktycznie zniszczyć system plików. Dlatego utrzymywana jest również kopia tej tablicy. Wątpliwości może budzić lokalizacja takiej kopii. Jeśli tablice sąsiadują ze sobą, to w przypadku zarysowania dysku przez głowicę istnieje ryzyko uszkodzenia obu tablic.
Podobnie, jak w systemie CP/M, nazwa składa się maksymalnie z 8 znaków, oraz 3 znaków rozszerzenia. Flagi są bitami, określającymi specjalne atrybuty pliku: plik ukryty, plik systemowy, plik tylko do odczytu, podkatalog, plik archiwalny, etykieta. W katalogu przechowany jest numer pierwszego bloku, czyli początek listy w tablicy FAT. Przeznaczone jest na to maksymalnie 16 bitów, a wiec taka struktura jest właściwa dla rozwiązań opartych najwyżej na 16-bitowej tablicy FAT.
FAT 32-bitowy wymaga pewnych rozszerzeń w strukturze wpisu katalogowego. Wykorzystane zostały wszystkie bajty, nieużywane w wersji opartej na FAT 12/16. Indeks pierwszego bloku podzielony jest na 2 części po 16 bitów w każdej. Dlatego nadaje się do zastosowania w rozwiązaniach opartych na FAT 32.